در برخی از بیماری های درگیر کننده مخاط دهان، جهت تشخیص قطعی بیماری ایجاد شده، نیاز به نمونه برداری بافتی از حفره دهان داریم. نمونه برداری بسته به نوع بیماری و اندازه آن ممکن است در سایز های متنوع انجام شود. در صورتی که ضایعه کوچک باشد، تمام ضایعه برداشته می شود و جهت تشخیص به پاتولوژی ارسال می گردد و چنانچه ضایعه بزرگ باشد گاها قسمت کوچکی از آن و یا نمونه های کوچک و متعددی از آن برداشته می شود و به پاتولوژی جهت بررسی میکروسکوپی ارسال می گردد. نمونه برداری در طول درمان بیماری نیز ممکن است انجام شود. برخی از بیماری های درگیر کننده حفره دهان تمایل به ایجاد بدخیمی در طولانی مدت دارند، به همین خاطر علاوه بر نمونه برداری اولیه جهت تشخیص قطعی در طول بیماری ممکن است نواحی مشکوک نیز مجدد نمونه برداری شوند که حضور هرگونه بدخیمی رد شود.